A wszystko zaczęło się…. W 1990 roku kiedy to z inicjatywy Zygfryda Kruczkowskiego i kilku miłośników futbolu założono Bractwo Piłkarskie „Pomezania” Malbork, klub przejął sekcje piłkarska MMKS „Nogat” którego piłkarze występowali Elbląskiej Klasie Okręgowej i w takowej oczywiście grała Pomezania. Oficjalna data rejestracji Bractwa to 23 lipiec 1990 roku.

W 1991 głównym sponsorem została spółka „Danuta - Malma” z jej prezesem Michaelem Marbotem na czele którego celem było jak najszybszy rozwój klubu i oczywiście awans na wyższe szczeble rozgrywek, co udało się już w tym samym roku, a może trudno w to uwierzyć, ale był to pierwszy w historii miasta awans do III ligi po wodzą Andrzeja Biangi który również występował na boisku.

W pierwszym roku występów w III lidze piłkarze Pomezanii byli rewelacją rozgrywek, będąc o krok od awansu do II ligi, tylko Arka Gdynia okazała się lepszym zespołem od świetnie spisującego się beniaminka prowadzonego przez Mariana Maksymiuka. Po tym sezonie Pomezania była już znaną marką na wybrzeżu i bardzo szybko pozyskiwała nowych fanów, a na mecze malborczyków nie jedno krotnie przychodziło ponad 3000 kibiców czasami przepełniając trybuny przy ul. Toruńskiej które mieściły śmiało 3500 widzów.

W sezonie 1992/93 założono awans do II ligi i takie zadanie postawiono trenerowi i zawodnikom, a drużynę objął jeden z najbardziej znanych trenerów na wybrzeżu Jerzy Jastrzebowski. Jednak mimo wielkiego apetytu drużynie nie udało się zrealizować założeń i zespół po słabym początku w lidze zakończył ostatecznie rozgrywki na 5 pozycji co jednak nie zniechęciło ani prezesa ani piłkarzy i trenera.

Do kolejnego (1993/94) sezonu piłkarze Pomezanii przystąpili wzmocnieni kilkoma zawodnikami jak choćby Adam Boros, Bogusław Lizak czy grający do tej pory w ekstraklasie Jacek Manuszewski których wypatrzył na boiskach lig okręgowej ówczesny kierownik Zbigniew Zagórski. Piłkarze malborscy nie dali szans rywalom zapewniając sobie awans do II-ligi już na pięć kolejek przed zakończeniem sezonu co wzbudziło niewyobrażalny entuzjazm w mieście i okolicznych miejscowościach gdzie Pomezania miała swoje nieformalne Fan Cluby.

Sezon 1994/95 przeszedł do historii malborskiej piłki, pierwszy raz drużyna malborska występowała na zapleczu ekstraklasy. W 2 kolejce II ligi Pomezania wygrała z Hutnikiem Warszawa 1:0 , a historyczną bramkę zdobył Zbigniew Liedtke. Warto dodać że w tym spotkaniu zadebiutowało trzech nowych zawodników; Marek Kwiatkowski, Krzysztof Własny oraz Aleksander Cybulski. Mecz ten wzbudził wielkie zainteresowanie nie tylko w Malborku ale i w okolicznych miastach, na trybunach pojawiło się ponad 3,5 tysiąca widzów, a pustych miejsc na trybunach nie było widać! Po tym spotkaniu odbyła się pierwsza konferencja prasowa w namiocie ustawionym tuz obok boiska, namiot był oblegany przez kibiców którzy wierzyli w sukces swojej drużyny. Malborscy kibice ufali trenerowi i pamiętali że Jastrzębowski wprowadził kiedyś gdańską Lechię z trzeciej do drugiej, a zaraz potem do pierwszej ligi. Ale wypowiedź „Jastrzębia” była jednoznaczna- Teraz chcemy się utrzymać. Może za rok powalczymy o coś więcej...
Jak się później okazało pierwszą część rundy malborczycy zagrali wręcz rewelacyjnie, wygrywając praktycznie wszystkie mecze na własnym boisku znaleźli się w ścisłej czołówce tabeli, ale druga część jesieni była już nieco gorsza, jednak ostatecznie Pomezania uplasowała się na dobrym 9 miejscu gromadząc 36 punktów tracąc zaledwie 3 punkty do czwartego miejsca, warto zaznaczyć ze malborscy piłkarze nie przegrali ani jednego meczu na własnym boisku przez co hasło „Niezdobyta Twierdza Malbork” było porównywalne do niezdobytych murów Zamku w średniowieczu.
Wraz z zakończeniem umowy odszedł z klubu Jerzy Jastrzębowski, na jego miejscu pojawił się duet trenerski - Stanisław Stachura oraz Józef Bujko. Po rundzie jesiennej piłkarze Bractwa uplasowali się na 8 pozycji w tabeli, ta lokata nie zadawalała działaczy którzy postanowili zerwać umowę ze Stachurą i na miejsce pierwszego trenera mianowano Józefa Bujkę, jednak i on nie poprawił miejsca w tabeli, a zespół pod jego wodzą gra co raz słabiej, ostatecznie Pomezania zakończyła sezon na 12 miejscu.
Na pewno do pomięci malborskich kibiców przeszły mecze z Wisłą Kraków czy wygrany 2:1 w dramatycznych okolicznościach mecz z Petrochemią Płock. Pamiętam że było to dla mnie ogromne zaskoczenie, a zarazem wyróżnienie że mogłem reprezentować barwy Pomezanii, w tamtym okresie każdy młody piłkarz występujący w juniorach marzył o powołaniu do drużyny seniorów, mi się udało i byłem bardzo z tego dumny - powiedział Michał Rybarczyk (ówczesny 3 bramkarz ).
Ostatni sezon w szeregach drugoligowców malborczycy zaczęli fatalnie od 4 porażek z rzędu czego konsekwencją było ponowne zatrudnienie Jastrzebowskiego , ale i on nie pomógł w utrzymaniu zespołu, działacze nie robili zbyt wiele aby zespół piął się w górę, wyprzedając najlepszych zawodników do których bez wątpienia zaliczali się: Lizak, Manuszewski czy Kwiatkowski. Ostatecznie nasi piłkarze uplasowali się na 16 miejscu gromadząc 33 punkty tracąc tylko 4 punkty do bezpiecznego 14 miejsca. Ale i w tym sezonie kibice nie mogli narzekać na brak emocji, w pamięci pozostaną choćby takie mecze jak wygrane derby z Jeziorakiem Iława 1:0, zwycięstwo z najstarszym klubem Polski Cracovią w identycznym stosunku.
Wraz z odejściem strategicznego sponsora jakim była MALMA i brakiem pieniędzy z klubu odeszło większość działaczy, a klub staczał się w dół czego efektem był kolejny spadek tak aż do IV ligi!!!

W kolejnych latach tradycje podtrzymywał nowy prezes Waldemar Jastrzebski który przez pierwsze lata po spadku starał się wyciągnąć klub z dołka. W sezonie 1998/99 zespół pod wodza Bogusława Oblewskiego pewnie zwyciężył w rozgrywkach IV ligi i powrócił w szeregi III-ligowców, ale jak się okazało to był ostatni sezon malborczyków na tym szczeblu rozgrywek do dnia dzisiejszego.

Przez kolejne sezony, aż do roku 2006 piłkarze Bractwa rywalizowali na IV ligowych boiskach z różnym skutkiem. Najlepiej wiodło się pod wodzą Lecha Strębskiego w sezonach 2001/02 i 2002/03 kiedy to malborski zespół zajmował 3 lokatę grając praktycznie tylko zawodnikami z Malborka.
Przełomowym rokiem okazał się 2006 w którym to Pomezania po raz pierwszy spadła do V ligi (Liga okręgowa) i wtedy stało się to o czym mówiło się od kilku miesięcy. Ówczesny prezes praktycznie w pojedynkę nie był wstanie prowadzić dalej klubu i czarny scenariusz jakim była ogłoszona upadłość BRACTWA PIŁKARSKIEGO POMEZANIA MALBORK stała się faktem… Na szczęście dla kibiców drużyna seniorów nie przestała istnieć, a to za sprawą MŁODZIEŻOWEGO OŚRODKA PIŁKARSKIEGO POMEZANIA która przejęła drużynę by dalej kontynuować tradycję Bractwa.
W pierwszym sezonie pod wodzą nowych władz i nowego trenera Tomasza Mazurka Pomezania była o krok od powrotu w szeregi IV ligi. Niestety młodzież (średnia wieku drużyny wynosiła wtedy niespełna 20 lat) nie podołała w barażach ulegając nieznacznie Czarnym Czarne. Jednak jak mawia stare porzekadło „Co się odwlecze, to nie ucieczce” na szczęście sprawdziło się rok później kiedy to Pomezania z II miejsca awansowała do IV ligi pod wodzą Sebastiana Ratajczyka w której gra do dnia dzisiejszego.
W obecnym zespole już tylko wspomniany Sebastian Ratajczyk oraz Michał Krawczyk pamiętają te stare dobre czasy, ale czy jeszcze kiedykolwiek się one powtórzą? Warto się także zastanowić co było przyczyną spadków i dlaczego tak szybko można było rozbić tą drużynę, najlepsi zawodnicy zostali seryjnie wyprzedani z klubu, a na ich miejsce przyszli zawodnicy z niższych lig i zdecydowanie mniej utalentowani gracze.
Na pewno wszyscy kibice i miłośnicy futbolu marzą do powrotu tych wspaniałych czasów malborskiego futbolu, ale jak wiadomo do spełnienia tych marzeń potrzebne są środki finansowe bez których żadna drużyną piłkarska nie zaistnieje na arenie ogólnokrajowej, te czasy to był przykład że przy wysiłku kilku zapalonych miłośników futbolu oraz co najważniejsze strategicznego sponsora jest możliwe zrobić w ciągu trzech lat II ligę w Malborku. Kto wie może znajdzie się jeszcze kiedyś taka „Malma”…